Clorotalonil tiene acción multi-sitio dentro de las células del hongo. Clorotalonil se adhiere a los grupos –SH de las moléculas de los aminoácidos. Ya que estos son la base de las proteínas celulares tales como las enzimas, bloquea mucho de los procesos metabólicos importantes de las células del hongo. Como resultado la célula fungosa no produce energía, causando la muerte del hongo. Clorotalonil evita la germinación de esporas y detiene el crecimiento micelial del hongo.